实验室根据“开放、流动、联合、竞争”的指导思想，依托哈尔滨理工大学，坚持“边建设、边研究、边开放”的原则，采用专家管理模式，创造实事求是的学术环境。

（1）学术委员会负责审议实验室的目标、任务和研究方向，审议实验室的重大学术活动、年度工作，审批开放研究课题。

（2）管理委员会是实验室日常工作的最高管理机构，日常工作重大问题由管理委员会决定，日常工作的组织与实施由实验室主任、副主任负责。

（3）建设委员会负责实验室重大基础设施建设、重要人才引进以及协调与学校各部门关系。

（4）实验室实行主任负责制，全面负责实验室的经费管理，包括拟定年度经费预算、审批经费开支，审查经费决算等。

（5）实验室的固定人员采用聘任制，实行动态管理。按实验室研究方向，由实验室主任公开聘任学科、学术带头人；其他研究人员由学科、学术带头人根据研究工作的需要自主聘任，报实验室主任核准。